כאמור, לאחר אלפיים שנות גלות עלתה שאלת השמיטה במלוא חריפותה בערב שנת תרמ"ט (1888), היא השמיטה הראשונה למושבות החדשות.
היו רבנים, כמו הרב שמואל מוהליבר, שחששו כי השבתת העבודה במשך שנה שלמה עלולה להביא כיליון חרוץ על המושבות החדשות שהיו בראשית צעדיהן, וכדי למנוע את התמוטטותן ולהציל את יישוב הארץ, פרסמו 'היתר מכירה'. לפי היתר זה, בכפוף למספר תנאים, ניתן למכור את אדמת ארץ ישראל לנוכרי, וכך מופקעים פירות הארץ מקדושתם ואפשר להמשיך בעבודת האדמה.
לעומתם היו רבנים, ובראשם רבני היישוב הישן בירושלים, אשר סברו כי אין שום היתר לחרוש ולזרוע ולקצור ולנטוע בשנת השמיטה, ועודדו את מייסדי המושבות לקיים את המצווה תוך הבטחה להם שיראו ברכה בעמלם כמובטח בתורה. רבנים אלה הדגישו את חשיבות קיומה של מצוות השמיטה דווקא עתה, כשסוף סוף התחדשה ההתיישבות בארץ ישראל לאחר הגלות הממושכת, וזאת במיוחד לנוכח העובדה כי בשל ביטולה של המצווה גלינו מארצנו.
להרחבה:
1. יהודה אפל, בתוך ראשית התחיה, תל אביב תרצ"ו.
2. הרב שלמה שטרנברג, היתר תרמ"ט, המכון למורשת ישראל, תל אביב תשמ"ו.
3. הרב ד"ר בועז הוטרר, ובשנה השביעית, חלק א', מכון הר ברכה, תשע"ח.
4. אחיעזר ארקין, לתולדות פולמוס שמיטת תרמ"ט, "ציוני דרך" מרכז סיור ולימוד, מזכרת בתיה תשע"ה.