הדעות המנוגדות של גדולי התורה בשאלת השמיטה, העמידו את מייסדי מזכרת בתיה במבוכה רבה. מצד אחד, בין החתומים על היתר המכירה שאיפשר להם להמשיך לעבוד את אדמתם, היה הרב שמואל מוהליבר, יוזם הקמת המושבה. מצד אחר, היה למייסדים קשר הדוק מאוד עם רבני ירושלים, אשר כאמור אסרו את עבודת האדמה בשביעית.
בסופו של דבר, ולאחר היסוסים ולבטים לא מעטים, ובהשפעת הרב מרדכי גימפל יפה, החליטו מייסדי מזכרת בתיה לנהוג כפסק רבני ירושלים ולא לסמוך על היתר המכירה.
החלטתה זו הכעיסה מאוד את הברון רוטשילד אשר מימן את הקמת המושבה וקרא אותה על שם אמו, בתיה, והיה גאה בה מאוד.
חרון אפו אף גדל כאשר התברר לו כי כל המושבות בארץ באותה שנה סמכו על היתר המכירה, ורק מזכרת בתיה עמדה בעקשנותה וסירבה לעבוד את האדמה בשביעית (גדרה שבה לעבודת השדה בלחץ 'חובבי ציון' ופתח תקווה סמכו חלק מהמייסדים על היתר המכירה וחלק נהגו כפסק רבני ירושלים).
להרחבה:
1. אחיעזר ארקין, "נחשוני השמיטה", מזכרת בתיה ה'תשנ"ד, עמ' 25-31.
2. עלון 'ציוני דרך', גיליון מס' 13, תשס"ח.